L'obiettivo principale dell'Indice di Funzionalità Fluviale (I.F.F.) consiste nella valutazione dello stato complessivo dell'ambiente fluviale e della sua funzionalità, intesa come risultato delle sinergie dei fattori biotici ed abiotici presenti nel corpo idrico e nell'ambiente terrestre circostante.
La metodica fornisce informazioni originali che possono differire da quelle fornite da altri indici: i metodi chimico-fisici limitano l'informazione all'acqua fluente, gli indici biotici informano sulla condizione dell'ecosistema acquatico, l'I.F.F. rappresenta l'intero sistema fluviale.
L'Indice di Funzionalità Fluviale è strutturato per essere applicato in tutte le condizioni fluviali che compongono il reticolo idrografico dei territori continentali. Esistono solo dei limiti di applicabilità nelle zone estuarine e negli ambienti di transizione delle foci oltre che negli ambienti lotici. La metodologia di applicazione prevede la descrizione in situ delle caratteristiche morfologiche ed ambientali di sezioni discrete del corso d'acqua, mediante una serie di domande a cui rispondere e che si basano sul giudizio esperto e sulla preparazione professionale degli operatori.
